Согласно общепризнанной точке зрения, первое упоминание Хаджи-Тархана в письменных источниках встречается в записках арабского путешественника Ибн Баттуты, который посетил этот город вместе с Узбек-ханом в 1333 году. Средневековые карты помещают Хаджи-Тархан на западном берегу Волги, несколько выше центра нынешней Астрахани. Сегодня остатки города фиксируются археологически на городище «Шареный бугор».
Находясь на пересечении торговых путей, город быстро стал центром торговли Золотой Орды. В XIII—XIV веках Хаджи-Тархан был крупным узлом транзитной торговли на караванном пути Восток — Запад. Караваны с восточными товарами прибывали сюда из Сарая и отправлялись дальше по двум направлениям: на юг — в предкавказские степи, через Дербентский проход в Закавказье и на запад — в Азак, где их ждали венецианские и генуэзские купцы. Иосафато Барбаро особо отмечает, что все специи и шёлк поступали в XIV веке в Азак и находившуюся здесь итальянскую торговую колонию через Хаджи-Тархан.
Город был выстроен из обожжённого и сырцового кирпича. Судя по материалам раскопок, в городе были развиты гончарное производство, металлообработка и ювелирное ремесло.
Зимой 1395 года к городу начали подходить войска Тимура. В летописях отмечается, что население для защиты города со стороны Волги из кусков толстого льда выстроило значительную стену. Однако власти города решили сдать город без боя. Тимур отдал город войскам на разграбление, затем поджёг его и разрушил. После чего Хаджи-Тархан, по словам венецианского дипломата и путешественника, Иосафата Барбаро, представлял собой «почти разрушенный городишко». Сейчас очень популярно лечение молочницы в Астрахани.